Thẩm quyền quyết định khởi tố vụ án hình sự trước hết thuộc về Cơ quan điều tra. Cơ quan điều tra quyết định khởi tố vụ án hình sự đối với tất cả vụ việc có dấu hiệu tội phạm, trừ những vụ việc do Cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra, Viện kiểm sát, Hội đồng xét xử đang thụ lý, giải quyết; căn cứ thẩm quyền theo từng loại Cơ quan điều tra để xác định thẩm quyền khởi tố vụ án của từng Cơ quan điều tra. Trường hợp vụ án do Cơ quan điều tra khởi tố, nhưng sau đó xác định không đúng thẩm quyền thì Cơ quan điều tra đề nghị Viện kiểm sát cùng cấp ra quyết định chuyển vụ án cho Cơ quan điều tra có thẩm quyền để tiếp tục điều tra.
Cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra thực chất là các cơ quan quản lý hành chính nhà nước trong một số lĩnh vực hoặc địa bàn đặc thù, để đáp ứng yêu cầu kịp thời trong đấu tranh phòng, chống tội phạm nên các cơ quan này được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra. Trong quá trình thực thi nhiệm vụ, khi phát hiện hành vi có dấu hiệu tội phạm trong lĩnh vực quản lý của mình thì cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra ra quyết định khởi tố vụ án hình sự.
Viện kiểm sát ra quyết định khởi tố vụ án hình sự trong trường hợp:
- Viện kiểm sát hủy bỏ quyết định không khởi tố vụ án hình sự của Cơ quan điều tra, cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra. Sau khi hủy bỏ quyết định không khởi tố vụ án, Viện kiểm sát ra quyết định khởi tố vụ án và yêu cầu cơ quan có thẩm quyền điều tra tiến hành điều tra vụ án theo quyết định khởi tố của Viện kiểm sát;
- Viện kiểm sát trực tiếp giải quyết tố giác, tin báo về tội phạm, kiến nghị khởi tố;
- Viện kiểm sát trực tiếp phát hiện dấu hiệu tội phạm hoặc theo yêu cầu khởi tố của Hội đồng xét xử.
Như vậy, so với quy định tại Bộ luật tố tụng hình sự năm 2003, thẩm quyền khởi tố vụ án hình sự của Viện kiểm sát được mở rộng trong các trường hợp Viện kiểm sát hủy bỏ quyết định không khởi tố vụ án hình sự cảu cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra; Viện kiểm sát trực tiếp giải quyết tố giác, tin báo về tội phạm, kiến nghị khởi tố hoặc Viện kiểm sát trực tiếp phát hiện dấu hiệu tội phạm.
Hội đồng xét xử ra quyết định khởi tố hoặc yêu cầu Viện kiểm sát khởi tố vụ án hình sự nếu qua việc xét xử tại phiên tòa mà phát hiện có việc bỏ lọt tội phạm.