Trên cơ sở kế thừa quy định tại Điều 47 Bộ luật tố tụng hình sự năm 2003 về thay đổi Thư ký Tòa án; đồng thời, để bảo đảm phù hợp với quy định bổ sung Cán bộ điều tra, Kiểm tra viên, Thẩm tra viên cũng là người tiến hành tố tụng.
Bộ luật tố tụng hình sự năm 2015 đã bổ sung trường hợp phải thay đổi Thư ký Tòa án là người đã tiến hành tố tụng trong vụ án đó với tư cách là Cán bộ điều tra, Kiểm tra viên, Thẩm tra viên. Mặt khác, để phù hợp với quy định trong trường hợp Chánh án Tòa án vắng mặt ủy quyền cho Phó Chánh án Tòa án thực hiện nhiệm vụ của mình, Điều luật được bổ sung quy định Phó Chánh án Tòa án có thể thay đổi Thư ký Tòa án. Thư ký Tòa án phải từ chối tiến hành tố tụng hoặc bị thay đổi khi thuộc một trong các trường hợp sau:
- Đồng thời là bị hại, đương sự; là người đại diện, người thân thích của bị hại, đương sự hoặc của bị can, bị cáo;
- Đã tham gia với tư cách là người bào chữa, người làm chứng, người giám định, người định giá tài sản, người phiên dịch, người dịch thuật trong vụ án đó;
- Có căn cứ rõ ràng khác để cho rằng họ có thể không vô tư trong khi làm nhiệm vụ;
- Đã tiến hành tố tụng vụ án đó với tư cách là Điều tra viên, Cán bộ điều tra, Kiểm sát viên, Kiểm tra viên, Thẩm phán, Hội thẩm, Thẩm tra viên, Thư ký Tòa án.
Việc thay đổi Thư ký Tòa án trước khi mở phiên tòa do Chánh án hoặc Phó Chánh án Tòa án được phân công giải quyết vụ án quyết định.
Việc thay đổi Thư ký Tòa án tại phiên tòa do Hội đồng xét xử quyết định.
Trường hợp phải thay đổi Thư ký Tòa án tại phiên tòa thì Hội đồng xét xử ra quyết định tạm ngừng phiên tòa.